УПЦ, який одноголосно підтримав рішення про необхідність автокефалії УПЦ. За це був підданий тиску з боку керівництва РПЦ, яке за будь-яку ціну прагнуло не допустити незалежності Української Церкви. У травні 1992 р. на підставні рішень, які не відповідали Статуту УПЦ, був де-факто усунутий від керівництва УПЦ, а потім безпідставно рішенням Архієрейського Собору РПЦ був оголошений «позбавленим сану». Ніколи не визнавав цього рішення, вважаючи його канонічно безпідставним, та звернувся з апеляцією на нього до Вселенського Патріарха Варфоломія. У наступні роки неодноразово поновлював цю апеляцію, востаннє – у 2018 р.
25 червня 1992 р. на Об’єднавчому Соборі в м. Києві підтримав рішення про об’єднання УАПЦ та УПЦ в Українську Православну Церкву Київського Патріархату, за рішенням Собору отримав посаду заступника Патріарха з титулом митрополита Київського. Після обрання на Предстоятеля УПЦ КП 22 жовтня 1995 р. у Володимирському кафедральному соборі м. Києва відбулася його інтронізація з титулом «Святійший Патріарх Київський і всієї Руси-України».
11 жовтня 2018 р. Святий і Священний Синод Вселенського Патріархату, розглянувши апеляції, визнав рішення РПЦ про «позбавлення сану», винесене щодо Митрополита Філарета у 1992 р., не відповідним канонам, прийнявши його у спілкування як колишнього митрополита Київського.
Виконуючи попередні домовленості, за рішенням Архієрейського Собору УПЦ КП 15 грудня 2018 р. скликав у храмі Малої Софії у Києві Помісний Собор УПЦ КП, який прийняв рішення про припинення окремого існування релігійного об’єднання УПЦ КП та про входження до єдиної Православної Церкви України. На підставі прийнятого Об’єднавчим Собором 15 грудня 2018 р. Статуту ПЦУ став постійним членом Священного Синоду ПЦУ як Почесний Патріарх Київський і всієї Руси-України та керівник окремої єпархії у м. Києві.
Від червня 2019 року – архієрей на спокої Православної Церкви України.
За свою церковну, громадську та миротворчу діяльність нагороджений численними церковними та світськими нагородами. У січні 2019 року отримав найвищу державну відзнаку – звання Герой України.
Пресслужба Київської Митрополії
Української Православної Церкви (ПЦУ)